Джесси Померой родился в семье Томаса Дж. Помероя и Рут Энн Сноумен в 1859 году, вторым из двух детей. Его брат был на два года старше. Его звали Чарльз Джефферсон.
Отец мальчиков Томас был ветераном гражданской войны в США. Он работал на военно-морской верфи и, вероятно, избивал своих сыновей. Хотя эта версия оспаривается, она не исключена.
В 1871 году у Джесси развилась тяжелая пневмония, которая постоянно давала о себе знать.
Его преступления начались рано. Так, сосед утверждал, что 5-летний Джесси зарезал кошку и выбросил её в реку. Один из его учителей сказал, что на протяжении всего времени обучения в школе Джесси был «своеобразным, несговорчивым, не плохим, но сложным для понимания».
Из-за его врождённого дефекта другие дети сторонились его, и он стал изгоем.
