Ботылев был назначен командиром второй волны десанта. На рассвете 4 февраля 1943 года, вскоре после первой высадки его отряд смял немецко-румынскую оборону и начал расширять плацдарм. Немцы обрушили на десантников авиацию, бронетехнику и многочисленные пехотные части. Но все удары врага разбились о стойкость морпехов. На третий день боев командир десанта майор Цезарь Куников получил смертельное ранение, и командование принял Василий Ботылев. Старший лейтенант успешно выполнил задание: враг так и не взял Малую землю, плацдарм продержался 223 дня. За мужество и героизм Василий Андреевич Ботылев был награжден орденом Отечественной войны и получил звание капитан-лейтенанта.
В августе 1943 года батальон Ботылева был выведен с плацдарма в тыл для подготовки к новой десантной операции. Ему предстояло первым высадиться в порт Новороссийска, посеять панику среди врага и отвлечь на себя силы для облегчения удара с фронта. Командование знало, что опытный офицер справится с задачей, поэтому назначило именно Ботылева на самый ответственный участок. Вот как его характеризовал командир Новороссийской военно-морской базы Георгий Никитич Холостяков:
«Ботылев был моложе многих бойцов батальона, но за плечами у молодого командира богатая командирская биография. Старые куниковцы знали, каков их командир, а от них и молодые. Известна была также его прямо-таки беспощадная честность: не простит никакого обмана или преувеличения подчиненному, не прибавит себе заслуг».
В ночь на 10 сентября батальон Ботылева высадился под шквальным огнем в порту Новороссийска. Командир шел в первых рядах и умело руководил морпехами. Бойцы заняли окрестные здания и приготовились к круговой обороне. В это время с фронта советские войска перешли в наступление, но им требовалось время, чтобы выйти к порту и помочь десантникам. Немцы же подтянули резервы, чтобы сбросить батальон в море. Ожесточенные бои шли пять суток, морпехи яростно отбивались, а когда заканчивались патроны, вступали в рукопашную и отбирали оружие у противника. В критические моменты Ботылев вызывал на себя огонь артиллерии. Бойцы под его командованием отразили свыше 20 атак, большинство морпехов погибло, а выжившие держались из последних сил.
Батальон выполнил задачу и отвлек на себя силы врага. 16 сентября 1943 года Новороссийск, превращенный немцами в крепость, был освобожден. Большую роль в этом сыграл подвиг морпехов. За свои заслуги Василий Андреевич Ботылев был удостоен звания Героя Советского Союза. После этого боя он остался в строю, и в декабре 1943 года был откомандирован в распоряжение Наркомата ВМФ. В 1956 году по состоянию здоровья Ботылев уволился со службы, но принимал активное участие в патриотическом воспитании молодежи. Но полученные на войне раны и потрясения дали о себе знать: Василий Андреевич Ботылев скончался 20 июля 1970 года в возрасте 50 лет.
