Самолёт вылетел из международного аэропорта имени Джона Кеннеди в 1:20 утра. Во время взлёта в кабине находились три пилота. Капитаном-командиром был Ахмед Эль Хабаши. Первым помощником командира был Адель Анвар, вторым – Гамиль Эль Батути. Хабаши должен был контролировать первую часть полета, пока Батути спал. Затем они должны были поменяться.
Примерно через 20 минут после взлёта Гамиль Эль Батути сказал Ахмеду Эль Хабаши, что он не будет спать, поэтому он хотел бы контролировать первую часть полёта, пока Хабаши выспится. Хабаши сначала возражал, говоря, что Батути должен был сказать ему об этом раньше, так как он уже спал, готовясь к первому отрезку полёта. В итоге они согласились поменяться.
Перед тем как Хабаши уступил своё место за штурвалом, Батути на мгновение покинул кабину, и в это время Хабаши выразил недовольство, заявив, что Батути делает «всё, что ему заблагорассудится».
Гамиль эль Батути берёт на себя управление
Когда Батути вернулся в 1:42 утра, он взял на себя управление рейсом 990 авиакомпании EgyptAir. В 1:48 капитан-командир вышел в туалет, сказав Батути, что он вернётся. В этот момент Батути находился в кабине один.
Через 21 секунду после ухода капитана Батути тихо и спокойно сказал: «Тавакилт ала Аллах» (Я полагаюсь на Бога). Менее чем через минуту он отключил автопилот и повторил ту же фразу. Затем он перевёл дроссельную заслонку с крейсерского режима на малый газ и направил самолёт в крутое носовое пикирование.
Сразу после того, как рейс направился в сторону Атлантического океана, Батути произнёс «Я полагаюсь на Бога» семь раз за восемь секунд. Специалисты по речевому анализу пришли к выводу, что его речевые обороты не указывали на стресс. Более того, он выглядел расслабленным. Капитан-командир вернулся в кабину после седьмой фразы. Он дважды спросил, что происходит. В его голосе слышались явные признаки паники. Командиру удалось выполнить крутой подъём. Но самолёт перешёл во второе носовое пикирование, после чего на большой скорости рухнул в океан.
